1.การสแกนภาพอะตอม(atom imagine mode)วิธีการนี้เป็นการใช้ปลายแหลมของเครื่อง STM ที่เล็กมากในระดับอะตอมในการสแกนไปบนพื้นผิวของวัตถุโลหะที่มีอะตอมวางอยุ่  ซ่งพื้นผิวนั้นก็จะถูกปล่อยกระแสไฟฟ้าให้ไหลผ่านเพื่อที่จะตรวจสอบลักษณะของพื้นผิว  การสแกนจเริ่มต้นจากการกำหนดตำแหน่งบนพื้นผิวตัวอย่างว่าจะทำการสแกนบริเวณใด จากนั้นกำหนดขนาดพื้นที่ที่จะทำการสแกน  ซึ่งถ้าเป็นพื้นที่ขนาดเล็กก็จะได้รายละเอียดสูงกว่าพื้นที่ที่มีขนาดใหญ่ การบังคับปลายเข็มทำได้โดยการใช้ความต่างศักย์และกระแสไฟฟ้าในการกระตุ้นผลึกเซรามิกส์ที่ยึดติดกับปลายเข็มให้มีการหดหรือคลายตัว 

       2.การเคลื่อนย้ายอะตอม(atom manipulation mode) วิธีนี้จะใช้ปลายแหลมในการหยิกหรือจับอะตอมและทำการเคลื่อนย้ายไปวาง ณ ตำแหน่งที่ต้องการ ซึ่งกระบวนการของการเคลื่อนย้ายอะตอมนี้  สามารถทำได้โดยการใช้สนามไฟฟ้าระหว่างปลายแหลมและพื้นผิวตัวอย่าง โดยเมื่อปลายแหลมเคลื่อนที่มาอยู่ในตำแหน่งเหนืออะตอมที่เหมาะสม ที่สามารถทำการหยิบจับอะตอมที่อยู่บนพื้นผิวที่อยู่ในสนามไฟฟ้าอยู่แล้ว จะทำกำแพงที่ขวางความสามารถในการไหลของกระแสไฟฟ้าทั้งจากปลายและจากอะตอมนั้นถูกลดลง แต่ขณะเดียวกันความสามารถในการไหล ณ บริเวณปลายแหลมจะมีพลังงานที่ต่ำกว่าบริเวณของอะตอมมาก จึงทำให้อะตอมถูกส่งผ่านไปยังปลายแหลมได้โดยง่าย จึงสามารถทำให้หยิบหรือจับอะตอมได้ และหลังจากนั้นเมื่อต้องการวางอะตอมลงไป ณ จุดที่กำหนดไว้ ก็สามารถทำได้โดยการถ่างกระแสไฟฟ้าที่ปลายแหลม จะทำให้ความสามารถในการไหลที่บริเวณฝั่งพื้นผิวอะตอมมีพลังงานต่ำกว่าส่วนปลายแหลม จึงทำให้อะตอมที่ถูกจับไว้โดยปลายแหลมนั้นถูกส่งผ่านกลับสู่พื้นผิวตัวอย่างได้

การใช้ปลายเข็มของเครื่อง STM จัดวางอะตอม